A organização interna do IASFA é constituída pelas seguintes unidades orgânicas:
Direção de Serviços de Ação Social Complementar
Direção de Serviços de Assistência na Doença aos Militares
Gabinete de Apoio ao Conselho Diretivo
Gabinete de Planeamento, Gestão Financeira e Orçamento
Gabinete de Recursos Humanos
Gabinete de Recursos Materiais
Gabinete de Sistemas de Informação e Comunicações
Equipamentos sociais: 12 Centros de Apoio Social e o CEREPOSA
ORGANOGRAMA
